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    AI是疾病基因分析和诊断的(de)加速器

    2020/02/14275

    在科技(jì)领(lǐng)域,跨界(jiè)、融(róng)合带(dài)来的新生事物(wù)具备(bèi)的颠覆性竞争,而只是技术和经(jīng)济层(céng)面的竞(jìng)争。

    而在病毒领域,跨(kuà)界、融合产生的新病毒往往(wǎng)意味着灾(zāi)难(nán)。一(yī)个天上(shàng)飞的鸟(niǎo)落(luò)下的粪便(biàn)不小(xiǎo)心与地上某个禽类的食(shí)物(wù)结合被这(zhè)个禽类所(suǒ)食,那(nà)么其上可能带来的病毒(dú)与禽类体内病毒进行杂交进化一个新的病毒。而这个病毒获得跨界传播的(de)能力(lì),将对整个人类造(zào)成(chéng)大的灾难。最(zuì)快速的了解(jiě)新的病毒(dú)带来的病例成因早日实现(xiàn)对症下药(yào),成为打赢“抗疫”的关键(jiàn)。今天(tiān)AI等新技术(shù)在积极发挥着作用。

    目前新型冠状病毒疫情进入了攻坚战阶(jiē)段。除了一线医务(wù)人员前赴(fù)后继的战斗之外,对于新冠病毒的疫苗研发和药(yào)物筛中也在争分夺秒的进行中。此(cǐ)次“抗疫”战争中,AI等科技技术在默默贡献(xiàn)中(zhōng)。关注抗击(jī)疫情中的科技公司的(de)动向,就(jiù)会发现包(bāo)括阿里云、华为云、中科曙(shǔ)光、腾讯(xùn)云、上(shàng)海超算中心等(děng)积极主动并免费提供超算能(néng)力,AI算法来(lái)助力开展(zhǎn)抗新冠病毒(dú)的疫苗研发(fā)和药(yào)物筛选中。

    要最快解决此次新型冠状病毒疫情,目前来看除了全国动员在家“闷(mèn)”死病毒之(zhī)外,对于从(cóng)早期(qī)对病毒(dú)基因组(zǔ)的数据分析及AI建模到如何对疑似患者的快速、精准临床诊(zhěn)断,以及抗新冠病毒的疫(yì)苗研发和药物筛选中也需要(yào)和时间赛跑。在其中AI正在发(fā)挥其作(zuò)用。

    AI技术能够加速“疫情”中数据分析(xī)

    AI作为一(yī)种工具,有三要(yào)素在支撑,算力、算法(fǎ)和数据。基于三个(gè)特点,目前AI等科技公(gōng)司都是(shì)提供(gòng)具备高性能、高可(kě)靠(kào)性(xìng)、高性价比(bǐ)的计算、存储、分析和AI能力(lì)支持(chí)的(de),能够(gòu)让科研(yán)过程固化可执行,提高效(xiào)率的工(gōng)具。

    而让AI在疾病基因的分析和诊断中发挥。首先要依靠医学界的专家发现病毒。就像(xiàng)上海华山医院(yuàn)张文宏就谈(tán)到(dào)医疗专家(jiā)要“要非常准(zhǔn)确的知道(dào)现在(zài)搜索(suǒ)的病毒(dú)是什么,才能相应(yīng)的病(bìng)毒做相应(yīng)的抗病毒治疗。”

    我们应让(ràng)人工智能与(yǔ)病(bìng)理学家(jiā)形(xíng)成互补(bǔ),提(tí)高人(rén)工诊断的(de)效率(lǜ)与可靠度。依靠科(kē)技手段 “面对未知的病毒的时(shí)候,通过把其基因序列全(quán)部打碎,通过深度(dù)测序的平台(tái),把所有的序列全部恢复(fù),然(rán)后通大数据开(kāi)始拼接,通过组装序(xù)列,经过大数据分析,分析(xī)出其演化关系,通过数据库记录分析获得遗传标志,来(lái)最终告诉你这是(shì)什么病毒。” 张文宏站在医生的角(jiǎo)度言简(jiǎn)意赅(gāi)的阐述(shù)了AI的作用。

    与时间赛跑!AI是疾病(bìng)基因分析(xī)和诊断的加(jiā)速(sù)器portant;" />

    比如针对(duì)此次(cì)新冠病毒(dú),AI等新技术的应用一个核心的(de)作用就是(shì)让医学专家们(men)不用把(bǎ)大量的时间放(fàng)在(zài)海(hǎi)量的数(shù)据分析上,而是能够(gòu)将自己的时间(jiān)、精力(lì)以及医学经验投入到应对(duì)传染(rǎn)病风险之上。把数据分析、重复的信息的收集(jí)等(děng)任务,交给(gěi)AI来处理。

    目前集成了AI功能的基(jī)因组测序(xù)平台能够提供从基(jī)因组数据管理、生物信(xìn)息分析流程、科研分析(xī)管理到(dào)知识图(tú)谱(pǔ)整个流程的(de)服务,快速实现基(jī)因组数据(jù)分析及AI建模,让基因组分(fèn)析更便捷。

    比如将(jiāng)深度学习算法及药物分析服务融入药物(wù)研发过程,令药企能更快速高效地(dì)完成药(yào)物研发,节约研发成(chéng)本,让研发更快速。

    具备医(yī)疗影(yǐng)像标(biāo)注、影像分析服务及(jí)AI模型预测服务,全(quán)方位(wèi)满足医疗影(yǐng)像研发需求(qiú),让影像分析更方便。很大程(chéng)度上帮助了医生提高阅片效率(lǜ)、减(jiǎn)少漏诊误诊的情况。一个医生可(kě)能一天看一百个病(bìng)人,一个月看了两千个病(bìng)人,一(yī)年(nián)可(kě)能看几万(wàn)个病人,他通过这样(yàng)的方(fāng)式去累计(jì)经(jīng)验。一个15年经验的(de)医生,和一个刚出来做3个(gè)月(yuè)的医生,他(tā)们两个(gè)的(de)经验不(bú)同,在对一些影(yǐng)像图片(piàn)上面的判断就不(bú)是一样的级别。

    与时间赛跑!AI是(shì)疾病基因分析和诊(zhěn)断的加速器portant;" />

    深(shēn)度学习会提取图(tú)像特征(zhēng)。然后影像专家先把(bǎ)上面做一个标注(zhù),等到标注有更大的样本的时(shí)候,就(jiù)可以做到辅助医学诊断(duàn)。比如通过AI对疑似患者肺部(bù)CT影像进行病灶的(de)自动检(jiǎn)出、定位、弥(mí)漫性程度(dù)的多维分析(xī)并生成自动报告,帮助医护人(rén)员快速筛查(chá)疑似新冠病例(lì)并进行隔离与进一(yī)步确(què)诊,从而减少交叉(chā)感染的(de)风(fēng)险,同(tóng)时(shí)产品的随访功能还可帮助医生对患者的治疗(liáo)效果进行精准量化评(píng)估,用(yòng)AI为一线(xiàn)医(yī)务工作者(zhě)提供有迹可循、有据可依(yī)的智能辅助。

    联合科研成(chéng)为AI技术应(yīng)用在(zài)疾(jí)病领域的主要(yào)形式

    在整个“抗疫(yì)”过程(chéng)中,包括分离毒株、药物筛选、意思病例检测、新药研(yán)发等需要基于AI技术进行大量(liàng)的(de)数(shù)据分析(xī)。目前科技(jì)公司在病毒基(jī)因组计算分析、抗病(bìng)毒药物(wù)研发和抗疫医疗影像分析(xī)领域,将提供海量AI算力和算法的强有力支持。这就需要(yào)具有(yǒu)强大的CPU及GPU算(suàn)力调度能力,能够为基因(yīn)测序、医疗工程提(tí)供稳定高效的算力(lì)支持的(de)平台。

    最近关于“抗疫”的战役中,我们看到科(kē)技公司联(lián)合医(yī)疗机构(gòu)、科(kē)研机构成为最(zuì)高(gāo)效的一种模式。比(bǐ)如华中科技大学同济医学院(yuàn)基础医学(xué)院(yuàn)、华中科技(jì)大学同济(jì)医学(xué)院(yuàn)附属武汉儿童医院(yuàn)、西安交通大学第一附属医院、中科院北京基(jī)因组研(yán)究所、华为(wéi)云联合科研团队宣(xuān)布,筛(shāi)选(xuǎn)出五种可(kě)能对2019新型冠状病毒(2019-nCoV)有效的抗病毒(dú)药物。

    其中华为云EI医疗(liáo)智能体(tǐ)平台(EIHealth)集成了医药领域众多算法、工具、AI模型和自动化流水线提供大规模(mó)计算机辅助。

    与时间赛(sài)跑(pǎo)!AI是疾病基因分析和诊断的加速器portant;" />

    在几(jǐ)位教授的(de)指导下,针(zhēn)对数十个靶(bǎ)向蛋白和上(shàng)亿小(xiǎo)分子化合物,通过医疗智能体(tǐ)平台完成了蛋(dàn)白质同源(yuán)模建,分子动力学模拟计算,和大(dà)规模虚拟(nǐ)药(yào)物(wù)筛(shāi)选,短时间内(nèi)完成了上千万次的模拟计算,让以往耗(hào)时数(shù)月的计算(suàn)机辅助(zhù)药物筛选在数小时内完成。

    比如在新冠肺炎疫情上,疑似患者的快速、精准临床诊断(duàn)仍是挑(tiāo)战。2月1日,由浙江省(shěng)疾控中(zhōng)心、阿里达摩院和杰毅生物联合研发上(shàng)线的自动化全基因(yīn)组检测分析平台,让原来数(shù)小(xiǎo)时的疑(yí)似(sì)病例基因分析缩(suō)短至半小时。重点在“全基因(yīn)组(zǔ)”这几个字(zì),全基(jī)因组(zǔ)以为着海量(liàng)的基(jī)因数据,需(xū)要(yào)对平台的算(suàn)力、AI算法、数据处理和分更高的要求。阿里达摩院创新的采(cǎi)用(yòng)分布式设计的(de)分析算法,并(bìng)基于蛋白质(zhì)数据(jù)库(PDB)等公(gōng)共数据集(jí)的数据进行算法(fǎ)的优化训练。这样的(de)AI突破,对于有(yǒu)效提升疑似病例确诊效率,及时阻断病毒的传播,必然会有极大助益。

    我们也看到(dào)为助力研究(jiū)机构(gòu)加速新药筛查和(hé)疫(yì)苗(miáo)研(yán)发,腾讯云(yún)组建了应急工(gōng)作小组,免费开(kāi)放云(yún)超算等能力。目前(qián),已(yǐ)向(xiàng)中(zhōng)山大学药学院(yuàn)罗海彬教授团队提供了批(pī)量GPU云(yún)服务器免费(fèi)使用权,帮助该团队推进病毒药物的筛选工(gōng)作;向北京生命科学(xué)研究所/清华(huá)大学生物医学交叉研究院的黄牛(niú)教授实验室提供了大量标(biāo)准的CPU算力以及对象储存(cún)能力,帮助(zhù)他们(men)进行基于结(jié)构(gòu)的药物分子设计的离线计算任务。

    与此同时,基(jī)于新型冠状病毒(dú)靶标结构的(de)化合物(wù)虚拟筛选工(gōng)作正在北京生命科学研究所(suǒ)/清华大学生(shēng)物医学交叉研究院黄牛教授实验(yàn)室推进。从原(yuán)理上讲(jiǎng),药物通过(guò)与体内的生物(wù)靶标相(xiàng)互作(zuò)用而发(fā)挥药效,若能够根(gēn)据药物靶(bǎ)标结构(gòu)来计算筛(shāi)选和设计小分子(zǐ)配体(tǐ),将(jiāng)可大大降低创新药前期研发的成本与周(zhōu)期。针对新型冠状病毒的(de)多个靶点,黄牛教授实验室通过腾讯云秒级交付的海量(liàng)高性能(néng)计算、存储资源,快速计算筛选数亿级别的化合物数据库,结合实验(yàn)验证,来寻找(zhǎo)新型结构类型的先导化合物,为(wéi)下一步新(xīn)药研发工作提供(gòng)依据。

    总结(jié),AI对于基因组的分析和诊断,有几个关键(jiàn)点。首先(xiān)数(shù)据(jù)库的检索功(gōng)能,在获取到病毒基(jī)因信息后,通常(cháng)需要与已知(zhī)数据库的(de)基因组匹配来(lái)找(zhǎo)出可能存在(zài)的突变。而突变与疾病的对(duì)应关系的判断大部(bù)分依(yī)靠海量的数(shù)据库(kù)资源,因此如果人(rén)工来完成(chéng)这(zhè)些工作是不(bú)现实的,这个时候便(biàn)体现出(chū)了人工智能的价值。

    其(qí)次算法(fǎ)的优化,我们看(kàn)到包括华为云、阿里达摩(mó)院都是采用了最新的AI算法和分布式数据库,来优化人工智能的技术路径,能够更有效的对大(dà)量非(fēi)结构化数据进行学(xué)习和整合,挖掘并计算其(qí)中的关联(lián)。缩(suō)短人工智能可以持(chí)续(xù)不断的挖掘并更(gèng)新(xīn)突变位点和疾病的(de)潜在联系。

    再次海(hǎi)量的数(shù)据喂养,与在Google AI实(shí)践(jiàn)中曾有关(guān)于诊断乳腺癌的人工智能的报(bào)道。它(tā)只需几秒钟,就能取得比(bǐ)人类医生花上(shàng)几十个小(xiǎo)时还要准确的诊断。在基于医(yī)学图像的(de)诊断上,结合(hé)人(rén)工智能的效率可以说(shuō)是大大增加(jiā)了癌病的诊断(duàn)。这需要基于大量患者的成(chéng)百上千张医疗影像(xiàng),基于深度学习算法(fǎ)的训(xùn)练。经历了大量迭代训练后,实现算法的精准度越来越高(gāo),实现在(zài)疾(jí)病分析丰富临床(chuáng)经(jīng)验的专家的(de)诊断结果与(yǔ)AI工具(jù)的诊断结果是否一(yī)致来判(pàn)断AI分析的(de)价值。

    除此之(zhī)外,业内专(zhuān)家对至顶网表示目(mù)前基于“深度学习”的AI技术(shù)要发挥作用,一个好的云数据库其实(shí)是非常关键的一个点,因(yīn)为如果医院里面每个科室的(de)数字(zì)是零散的,那么很难做这个工作(zuò)。基于云数(shù)据库,不管是(shì)从公有云还是(shì)从私有云,帮助(zhù)医院把这些数据规(guī)范起来。从(cóng)数据的采集,到(dào)它(tā)的存储,到预处理(lǐ),形成一套规范的AI服(fú)务。这样的话,数据即使在有些单位是分散的,需(xū)要的(de)时候还是可以复合起来(lái)使(shǐ)用。

    同(tóng)时在深度(dù)学习的技术(shù)上面,对这(zhè)些数据做(zuò)训练(liàn)的时候,不仅仅是把(bǎ)数据丢到深度(dù)学习里面去训练就好了,而且我(wǒ)们还要(yào)对这些数(shù)据做(zuò)一些特(tè)征(zhēng)提(tí)取。我们把数据的维(wéi)度降低了以后,再去训练就可(kě)以得到一个相(xiàng)对比(bǐ)较好的效果。当(dāng)然,这个数据积累以后,越来越多的数据积累以(yǐ)后,准确率会越来越高。

    最(zuì)后,医疗过程是(shì)一个复杂(zá),周期长的过程,AI辅(fǔ)助只是其中一个(gè)环节,我(wǒ)们希望能够通过AI等科技技术帮助到医药领域的专家,加速疾(jí)病基因检测和相关药物(wù)研发过程。

    关键词:




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